Es war eine Fischerfamilie, die im Winter 1864/65 das Pfahlfeld vor Sipplingen im flachen Wasser entdeckte. Bis heute ist das erstmals von dem Überlinger Historiker Xaver Ullerberger untersuchte Steinzeitdorf die größte prähistorische Ufersiedlung am Bodensee.

Eine systematische Flächenausgrabung unterhalb des Wasserspiegels fand erst in den Wintern 1929 und1930 statt. Der Archäologe Hans Reinerth vom Urgeschichtlichen Institut in Tübingen ließ einen Senkkasten über die Grabungsfläche setzen und das Wasser abpumpen. Da im Winter der Wasserstand niedriger liegt, musste weniger Wasser verdrängt werden, als es im Sommer der Fall gewesen wäre. Die archäologischen Untersuchungen waren so unter denselben Bedingungen wie an Land möglich. Der Bodensee-Geschichtsverein unterstützte das Vorhaben finanziell. Die Grabung brachte die Standorte von Häusern aus zwei Horizonten zum Vorschein. Es gab also zwei Siedlungen, die mit einem gewissen zeitlichen Abstand direkt übereinander gebaut worden waren. Zudem konnten mehr als 1000 Fundstücke geborgen und naturwissenschaftliche Untersuchungen zu Tierwelt und Landschaftsgeschichte durchgeführt werden.

Fünf der Pfahlbauhäuser von Sipplingen wurden in den Jahren 1938 bis 40 in Unteruhldingen rekonstruiert. Die Grundrisse, Zwischenwände und Lehmfußböden orientierten sich dabei an der älteren Sipplinger Siedlung. Während die Außenwände und Dächer, die Standorte der Öfen und Feuerstellen sowie die Bänke auf den Ergebnissen der Untersuchungen im Federseemoor (Riedschachen, Aichbühl, Taubried) beruhen. Die Reste eines in Sipplingen gefundenen Zauns aus drei Pfahlreihen wurden unter dem Eindruck der Ausgrabungen von bronzezeitlichen Toren und Palisaden am Federsee (Wasserburg Buchau) und in Polen (Biskupin) für die Rekonstruktion zu einer starken Befestigung ausgebaut. Das größte Gebäude der Anlage, die Dorfhalle, entstand nach Vorbildern aus Aichbühl und Riedschachen.

Im Laufe der Forschungen bei Sipplingen konnten inzwischen 16 Siedlungsschichten übereinander aus insgesamt 3000 Jahren festgestellt werden. Schon in der Jungsteinzeit unterhielt die dort lebende Gemeinschaft Handelskontakte an die Ostsee, nach Frankreich und Italien. Dendrochronologische Analysen der verbauten Hölzer ergaben, dass das Dorf im Jahr 3710 v. Chr. aus nahezu 100 Häusern bestand.

Seit 1982 finden im Sipplinger Pfahlfeld regelmäßig taucharchäologische Untersuchungen statt, denn moderne Hafenanlagen und Erosion setzen den Fundschichten stark zu. Ein Teil der Fläche wurde inzwischen mit Geotextilien und Kies abgedeckt, um auch in Zukunft Forschungen zu ermöglichen.