Bis zum Beginn der Industrialisierung und des Tourismus waren die Reste der Pfahlbauten in den Seen gut geschützt. Natürliche Ufer sicherten die Erhaltung der Fundstätten unter Luftabschluss und Sedimentbedeckung. Einerseits führte der Bau von Hafenanlagen, Ufermauern und Abwasserleitungen zur Entdeckung neuer Pfahlbauten. Andererseits aber beschädigten die dadurch verursachten stärkeren Erosionen die natürlichen Ufer und die alten Siedlungen.

Durch ungereinigte Schiffsrümpfe gelangte die Quagga-Muschel aus dem Schwarzen Meer in den letzten Jahren in den Bodensee. Sie verdrängt die einheimischen Arten wie die Dreikantmuschel und setzt sich auf Pfählen und dem Seegrund fest. Der Kamber-Krebs aus Nordamerika besiedelt die Pfahlbaustätten und legt Gänge in den Kulturschichten an. Auch der heimische Biber durchhöhlt die Welterbestätten.

Der Klimawandel erzeugt immer häufiger Niedrigwasserstände und begünstigt das Wachstum des Schweizer Laichkrauts im See. Es überwuchert die Pfahlfelder und greift die Oberflächen der Hölzer an. Mit Geotextilien und Kiesaufschüttungen wird versucht, die Erosion einzudämmen. Ein fortlaufendes Monitoring durch die Denkmalpflege mit Aufnahme der Schäden soll helfen, Erhaltungskonzepte zu entwickeln.