Jusqu’au début de l’industrialisation et du tourisme, les vestiges des maisons sur pilotis étaient bien protégés dans les lacs. Des rives naturelles assuraient la conservation des sites à l’abri de l’air et de la couverture sédimentaire. D’une part, la construction d’installations portuaires, de murs de rive et de canalisations d’eaux usées a conduit à la découverte de nouveaux sites palafittiques. Mais d’un autre côté, l’érosion accrue qui en a résulté a endommagé les rives naturelles et les anciennes colonies.

Ces dernières années, la moule quagga de la mer Noire est arrivée dans le lac de Constance par le biais de coques de bateaux non nettoyées. Elle évince les espèces indigènes comme la moule triangulaire et s’installe sur les pieux et le fond du lac. L’écrevisse de Kamber, originaire d’Amérique du Nord, colonise les sites palafittiques et creuse des galeries dans les couches de culture. Le castor indigène creuse également les sites du patrimoine mondial.

Le changement climatique génère des étiages de plus en plus fréquents et favorise la croissance de l’herbe à frai suisse dans le lac. Elle envahit les champs de pieux et attaque la surface des bois. On tente d’endiguer l’érosion à l’aide de géotextiles et de remblais de gravier. Un monitoring continu par le service de conservation du patrimoine, avec relevé des dégâts, doit aider à développer des concepts de conservation.